Z tego co sprawdziłem problemem może być fakt, że aplikacja jest napisana w Javie. Zdaje się, że, przy zablokowaniu telefonu, czy jego minimalizacji w takim przypadku program nie będzie zapisywał kolejnych punktów.
Tylko aplikacja napisana pod bade będzie po zablokowaniu czy minimalizacji dalej zapisywała punkty. Osobiście używam programu Smart Runner. Jest on normalnie dostępny w Samsung Apps. Może służyć jako prosty licznik do uprawiania sportu, a przy okazji zapisuje także trasę jaką się pokonało. Można potem ją wysłać na serwer i obejrzeć na mapie, w razie potrzeby jest także możliwość exportu np do gpx. Z programem połączony jest serwis:
http://www.smartrunner.com na którym właśnie mamy zapisane wszystkie trasy.