Fabryczna aplikacja fotograficzna w Xiaomi Mi 9 SE to rozbudowane, ale proste w obsłudze narzędzie, w którym każdy z dziewięciu trybów pracy stanowi oddzielną zakładkę ekranu głównego. Przemieszczać się pomiędzy nimi można przy użyciu gestu w prawo lub w lewo. Przyciskiem na ekranie głównym możemy włączyć dwukrotny zoom, co przełączy nas na odpowiednią część aparatu (choć nie zawsze - szczegóły dwa akapity dalej).Jeśli chcemy skorzystać z obiektywu szerokokątnego, musimy przejść do trybu Pro. Aby robić zdjęcia z rozdzielczością 48 Mpix, musimy tę opcję włączyć w ustawieniach dostępnych po kliknięciu w ikonkę z trzema poziomymi kreskami (tzw. hamburger) w prawym górnym rogu ekranu (przy pionowym położeniu telefonu) - działa to także w trybie automatycznym. Warto dodać, że mamy tu do czynienia z matrycą Sony IMX596, zatem zdjęcia w najwyższej rozdzielczości rzeczywiście mają 48 Mpix – wynik ten nie jest osiągany przez interpolację obrazu 12 Mpix, jak w Redmi Note 7.
Główny aparat fotograficzny w Mi 9 SE, który jest taki sam, jak w droższym Xiaomi Mi 9, robi bardzo dobre jakościowo zdjęcia, zarówno w rozdzielczości 12 Mpix, jak i 48 Mpix. Oczywiście w tym drugim przypadku możemy liczyć na więcej szczegółów, jednak musimy się obejść bez takich dodatków, jak HDR czy funkcje sztucznej inteligencji, które czasem mogą poprawić jakość zdjęcia. Aparat radzi sobie nieźle również w gorszych warunkach oświetleniowych. Niezłe rezultaty daje także tryb nocny, który warto włączyć po zachodzie Słońca. Przyzwoite zdjęcia robi również przedni aparat.
Umieszczony z tyłu teleobiektyw ma również 12 Mpix, ale jakość zdjęć zależy tu w dużej mierze od ilości światła zastanego. Co ciekawe, w złych warunkach Mi 9 SE zamiast użyć dwukrotnego zoomu optycznego, oferowanego przez ten obiektyw, używa zoomu cyfrowego w głównym aparacie, który wyposażony jest w jaśniejszy obiektyw.
Xiaomi Mi 9 SE z fabryczną aplikacją fotograficzną pozwala nam nagrywać filmy o rozdzielczości 4K i FullHD z szybkością 30 klatek na sekundę. Zarejestrowane klipy wideo są szczegółowe, ostre oraz poprawne kolorystycznie. Także cyfrowa stabilizacja nieźle sobie radzi na przykład podczas chodzenia. Autofocus z kolei czasem się gubi podczas kręcenia ruchomych scen (lub gdy to aparat się przemieszcza), w efekcie czego na nagraniach widać od czasu do czasu niewielkie przeskoki obrazu.
